L’agent fédéral Ethan Burke reprend conscience, seul et blessé, en pleine rue à Wayward Pines, petite bourgade tranquille de l’Idaho. Partiellement amnésique, il se souvient être à la recherche de deux autres agents mystérieusement disparus dans la région. Il se rend vite compte qu’il n’a plus de papiers, ni de téléphone et, en dépit de ses e orts, il ne parvient à joindre ni sa femme, ni son supérieur, ni personne. Il y a vraiment quelque chose de bizarre à Wayward Pines, comme chez ses habitants. Lorsqu’Ethan découvre le cadavre horriblement mutilé de l’un des agents qu’il recherchait, l’étrangeté cède la place à un danger mortel. C’est maintenant sûr, il y a quelque chose de pourri à Wayward Pines.