Toujours en cavale, Kei Nagai, le lycéen devenu Ajin, découvre que ces hommes d'un genre nouveau sont plus que de simples immortels. Qualifiés d'inoffensifs par le gouvernement, certains semblent dotés de redoutables alter ego qu'ils ont le pouvoir de faire apparaître à loisir : les fantômes noirs. Laissant son seul allié derrière lui, Kei part à la rencontre des autres.