À la fois réflexion sur la notion de liberté académique et enquête sur les menaces qui la visent, l'ouvrage examine, d'une part, la signification de cette notion, consubstantielle à l'idée d'université moderne, et d'autre part, deux évènements historiques  ?  le maccarthysme aux États-Unis et Mai 68 en France — au cours desquels la liberté académique fut malmenée. La seconde partie de l'ouvrage porte sur les menaces actuelles à l'encontre de la liberté académique en évoquant la résurgence des anciennes menaces provenant de divers pouvoirs (politique, administratif et économique) et l'apparition de nouvelles menaces résultant de la lutte contre le terrorisme, de l'utilisation abusive d'internet, ou encore de la promotion des « causes identitaires ».